Je nejsilnějším přítokem Želivky. Vzniká soutokem tří potoků pod Chotěbuzí, odkud teče přibližně východním směrem ve velkých meandrech a pod Želiví se vlévá do Želivky na ř.km 52,5. Povodí měří 338 km2, délka sjížděné části toku je po dobudování přehrady 10 km.

Trnava na své horní části protéká převážně zalesněným údolím. V nejhořejším úseku má ráz bystřiny a není v těchto místech sjízdná. Před Hořepníkem přijímá několik potoků, které značně posilují tok. Pod Hořepníkem vstupuje do mělkého údolí, převážně zalesněného, dnes již naplněného nadrženou vodou. Pod přehradou mohou Trnavu sjíždět i méně zdatní vodáci na otevřených lodích.